Pusat Genom Pertanian Indonesia


Pusat Genom Pertanian Indonesia adalah situs web yang menjadi titik pusat data dan jaringan penelitian genomika dan bioinformatika di bidang pertanian.

Lebih Lanjut...

Membaca Genom, Merancang Masa Depan Pertanian


Informasi genetis yang terkandung di dalam setiap sel makhluk hidup bisa menjadi kunci pemuliaan aneka komoditas pertanian. Berbagai jenis gen, penanda molekuler maupun variasi genom dapat dikaitkan dengan sifat-sifat unggul dan digunakan sebagai target pemuliaan. Di situs ini, sekuen genom utuh dari berbagai plasma nutfah pertanian Indonesia telah tersedia, lengkap dengan kandungan gen dan variasi-variasi genomis yang teridentifikasi.

Basis Data Penjelajah Genom

Melacak Variasi Genomis


Genom Tanaman Palma

Kelapa Sawit, Kelapa, & Aren.

Lihat Basis data!

Genom Tanaman Industri

Jarak Pagar & Kakao

Lihat Basis data!

Genom Tanaman Hortikultura

Pisang, Cabai, & Kentang.

Lihat Basis data!

Genom Tanaman Pangan

Padi, Jagung, & Kedelai

Lihat Basis data!

Genom Hewan Ternak

Sapi PO, Sapi Lokal Indonesia

Lihat Basis data!

Genom Mikroba

Agrobacterium, Bacillus, Gluconobacter

Lihat Basis data!

Baca Urutan DNA Genom hingga ke ATGC-nya!


Penjelajah Genom memungkinkan setiap orang membaca dan menelusuri urutan genom beserta fitur-fitur di dalamnya dari tingkat kromosom hingga ke nukleotida atau basa-basa individunya.

Jelajahi!

Tautan


Project

  • Konsorsium genom APBN sejak 2010
  • Kerjasama Kemitraan Penelitian dan Pengembangan Pertanian Strategis (palma penting Indonesia pada 2015 dan aren 2016)
  • Kerjasama Kemitraan Penelitian dan Pengembangan Internasional (kelapa sawit 2015-sekarang)

Publikasi

Tahun Judul
2016 Satyawan D, Kim MY, Lee SH. 2016. Stochastic alternative splicing is prevalent in mungbean (Vigna radiata). Plant Biotechnology. 9 p.
2016 Lestari P, Reflinur. 2016. Genetic diversity of Japonica rice (Oryza sativa L.) based on markers corresponding to starch shyntesizing genes. Makara J of Sci. 20 (2): 49-54.
2016 Lestari P, Utami DW, Rosdianti I, Sabran M. 2016. Morphological of Indonesian rice germplasm and the associated SNP markers. Emirates J of Food and Agriculture. 28 (9): 660-670.
2015 Tasma IM, Lestari P, Reflinur. 2015. Karakterisasi 56 aksesi kedelai untuk karakter komponen hasil dan umur. Plasma Nutfah. 21(1): 25-38.
2015 Risliawati A, Riyanti EI, Lestari P, Utami DW, Silitonga TS. 2015. Pengembangan set marka SSR untuk identifikas empat puluh dua varietas unggul kedelai Indonesia. J Agrobiogen. 11 (2): 49-58.
2015 Utami DW, Rosdianti I, Satyawan D, Rijzaani H, Sabran M. 2015. Karakterisasi bayes plasma nutfah di Indonesia. Informatika Pertanian. 24 (2): 133-140.
2015 Nugroho K, Reflinur, Lestari P, Rosdianti I, Teryana RT, Kusmana, Tasma IM. 2015. Keragaman genetik 14 aksesi kentang (Solanum tuberosum L.) berdasarkan marka SSR dan STS. J Agrobiogen. 11(2): 40-48.
2015 Lestariet al.2015. DNA markers for eating quality of indica rice Indonesia. Plant Breeding. 134: 40-48.
2015 Lestari P, Rijzaani H, Satyawan D, Anggraeni A, Utami DW, Rosdianti D, Lutfi M, Tasma IM. 2015. Identification of single nucleotide polymorphisms on cattle breeds in Indonesia using bovine 50K. Indonesian J Agric Sci. 16 (2): 59-70.
2015 Kang et al. 2015. Draft genome sequence of adzuki bean,Vigna angularis.ScientificReports. 5: 8069. DOI 10. 1038/srep08069
2014 Lestari P, Sutrisno, Tasma IM. 2014. QTL study to reveal soybean response on antibiotic and biotic stresses. J Agrobiogen. 10 (3): 109-114.
2014 Lestari P, Reflinur, Koh HJ. 2014. Prediction of physicochemical properties of Indonesian indica rice using molecular markers. Hayati J of Biosci. 21 (2): 76-86.
2014 Lestari P, Kim SK, Reflinur, Kang YJ, Dewi N, Lee SH. 2014. Genetic diversity of mungbean (Vigna radiataL.) germplasm in Indonesia. Plant Genetic Resource: Characterization and Utilization. 12 (1): 91-94.
2014 Lestari P, Kang YJ, Han KS, Gwang JG, Moon JK, Kim YH, Lee YH, Lee SH. 2014. Genome wide-single nucleotide polymorphism discovery and validation in adzuki bean. Mol Breeding. 33: 497-501.
2014 Kanget al.2014. Genome sequence of mungbin and insights into evolution within vigna species. Nature Communication.5: 5443. DOI: 10.1038/ncomms6443.
2014 Utami DW. 2014. Pemanfaatan asosiasi lintas genom (studi asosiasi genom) dalam pemuliaan tanaman. J Litbang Pert. 33 (4): 141-148.
2014 Satyawan D, Rijzaani H, Tasma IM. 2014. Characterization of genomic variation in Indonesian soy bean (Glycine max) varieties using next-generation sequencing. Plant Genetic Resource: Characterization and utilization. 12 (1): 109-113.
2013 Yong YF, Lestari P, Lee KJ, Kim MY, Lee SH, Lee BW. 2013. Identification of quantitative trait loci for cadmium accumulation and distribution in rice (Oryza sativa). Genome. 56: 227-232.
2013 Utami DW, Lestari P, Koerniati S. 2013. A relative expression of Xa 7 gene controlling bacterial leaf blight resistance in Indonesian local rice population (Oryza sativaL.). J crop sci biotech . 16 (1): 1-7.
2013 Lestari P, Koh HJ. 2013. Evaluasi kandungan protein dan sifat pasta beras japonica dengan marka DNA. Berita Biologi. 12 (2): 141-152.
2013 Lestari P, Koh HJ. 2013. Development of new CAPS/dCAPS and SNAP markers for rice eating quality. Hayati Journal of Bioscience. 20 (1): 15-23.
2013 Lestari P, Van K, Lee J, Kang YJ, Lee SH. 2013. Gene divergence of homeologous region associated with a major seed protein content QTL in soybean. Frontiers in Plant Science. 4: 1-8
2013 Mulsanti IW, Surahman M, Wahyuni S, Utami DW. 2013. Identifikasi galur tetua padi hibrida dengan marka SSR spesifik dan pemanfaatannya dalam uji kemurnian benih. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 32 (1): 1-8.
2013 Ha J, Lestari P, Lee SH. Nucleotide diversity of the upstream region of the putative MADS-box gene controlling soy bean maturity. Genes Genom. 35: 159-166.
2012 Utami DW. 2012. Penelitian genom padi di BB Biogen. Warta Biogen. 8 (3): 8-9.
2012 Utami DW. 2012. Status terkini (tahun 2012) hasil penelitian terkait dengan penyakit blas. Warta Biogen. 8 (2): 5-6.
2012 Utami DW, Rosdianti I, Lestari P, Satyawan D, Rijzaani H, Tasma IM. 2012. Development and application of 1536-plex single nucleotide polymorphism marker chip for genome wide scanning of Indonesian rice germplasm. Indonesia J Agric Sci. 14 (2): 71-78.
2012 Lestari P, Tasma IM. 2012. Analisis genotipe sapi berdasarkan total genom. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian. 34 (4): 17-18.
2012 Lestari P, Risliawati A, Koh HJ. Identifikasi dan aplikasi marka berbasis PCR untuk identifikasi varietas padi dengan palatabilitas tinggi. J AgroBiogen. 8 (2): 69-77.
2011 Utami DW, Barnita K, Yuriah S, Hanarida. 2011. Nucleotide base variation of balast desease resistence gene Pi33 in rice selected broad genetic background. Hayati J of Biosci. 18 (3): 123-128.
2011 Lestari P, Lee G, Ham TH, Reflinur, Woo MO, Piao R, Jiang W, Chu SH, Lee J, Koh HJ. 2011. Single nucleotide polymorphisms and haplotype diversity in rice sucrose shyntase 3. J of Heredity. 102 (6): 735-746.
2011 Lestari P, Trijatmiko KR, Reflinur, Warsun A, Tasliah, Ona I, Cruz CV, Bustaman M. 2011. Mapping quantitative trait loci conferring blast resistance in Upland Indica rice (Oryza sativa. L). J crop Sci Biotech. 14 (1): 57-63.
2011 Chaerani, Hidayatun N, Utami DW. 2011. Keragaman genetik 50 aksesi plasma nutfah kedelai berdasarkan 10 penanda mikrosatelit. J AgroBiogen. 7(2): 96-105.
2011 Hidayatun N, Chaerani, Utami DW. 2011. Sidik jari DNA 88 plasma nutfah ubi jalar di Indonesia berdasarkan delapan penanda SSR. J AgroBiogen. 7 (2): 119-127.
2010 Hidayatun N, Somantri IH, Utami DW, Risliawati A, Riyanti EI. 2010. Melihat keragaman kedelai dari profil DNA-nya. Warta Biogen. 6 (3): 10-12.
2010 Utami DW, Ilhami A, Hanarida I. 2010. Sidik jari DNA plasma nutfah padi lokal menggunakan marka molekuler spesifik untuk padi beras merah. Berita Biologi. 10 (2): 143-150.
2010 Utami DW, Septiningsih EM, Kadir TS, Fatimah, Yuriyah S. 2010. Pencarian alel untuk identifikasi gen ketahanan penyakit hawar daun bakteri , Xa7, pada plasma nutfah padi lokal Indonesia. J Agro Biogen. 6 (1): 1-9.
2010 Lestari P. 2010. Deteksi cepat kualitas rasa beras dengan penanda molekuler. Warta Peneltian dan Pengembangan Pertanian. 32 (5): 11-12.
2010 Utami DW, Ambarwati AD, Apriana A, Sisharmini A, Hanarida I, Moeljopawiro S. 2010. Keragaan sifat tahan penyakit blas dan agronomi populasi silang balik dan haploid ganda turunan IR46 danOryza rufipogon.Buletin Plasma Nutfah. 16 (2): 92-95.
2010 Utami DW, Septingsih EM, Yuriyah S, Hanarida. 2010. Aplikasi marka molekuler terpaut gen gen ketahanan penyakit hawar daun bekteri dalam seleksi tetua persilangan. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 29 (30): 152-156.

Statistik Kunjungan

Tahun Hits
2015 4,351
2016 5,069
2017 10,926

Mari Bersinergi!


Menguak semua rahasia genom pertanian bukanlah perkara sederhana. Ide, kreatifitas, keahlian anda di bidang pertanian bisa berperan di dalamnya. Anda memiliki plasma nutfah pertanian yang unik? Anda mencatat silsilah persilangan dan fenotipenya? Anda ahli komputer dan statistika? Mari bersama-sama membaca genom pertanian! Hubungi kami melalui kontak di bawah ini:

+62-251-8337975


Copyright 2017 Badan Litbang Pertanian
Dikelola oleh BB Biogen