Pusat Genom Indonesia


Pusat Genom Indonesia adalah situs web yang menjadi titik pusat data dan jaringan penelitian genomika dan bioinformatika, terutama di bidang pertanian.

Lebih Lanjut...

Membaca Genom, Merancang Masa Depan


Informasi genetis yang terkandung di dalam setiap sel makhluk hidup bisa menjadi kunci pemuliaan aneka komoditas. Berbagai jenis gen, penanda molekuler maupun variasi genom dapat dikaitkan dengan sifat-sifat unggul dan digunakan sebagai target pemuliaan. Di situs ini, sekuen genom utuh dari berbagai plasma nutfah pertanian Indonesia telah tersedia, lengkap dengan kandungan gen dan variasi-variasi genomis yang teridentifikasi.

Basis Data Penjelajah Genom

Melacak Variasi Genomis


Genom Tanaman Palma

Kelapa Sawit, Kelapa, & Aren.

Lihat Basis data!

Genom Tanaman Industri

Jarak Pagar & Kakao

Lihat Basis data!

Genom Tanaman Hortikultura

Pisang, Cabai, & Kentang.

Lihat Basis data!

Genom Tanaman Pangan

Padi, Jagung, & Kedelai

Lihat Basis data!

Genom Hewan Ternak

Sapi PO, Sapi Lokal Indonesia

Lihat Basis data!

Genom Mikroba

Agrobacterium, Bacillus, Gluconobacter

Lihat Basis data!

Baca Urutan DNA Genom hingga ke ATGC-nya!


Penjelajah Genom memungkinkan setiap orang membaca dan menelusuri urutan genom beserta fitur-fitur di dalamnya dari tingkat kromosom hingga ke nukleotida atau basa-basa individunya.

Jelajahi!

Tautan


Project

  • Konsorsium genom APBN sejak 2010
  • Kerjasama Kemitraan Penelitian dan Pengembangan Pertanian Strategis (palma penting Indonesia pada 2015 dan aren 2016-2018)
  • Kerjasama Kemitraan Penelitian dan Pengembangan Internasional (kelapa sawit 2015-sekarang)

Publikasi

Tahun Judul
2017 Nugroho K, Slamet, Lestari P. 2017. Keragaman genetik 24 varietas padi sawah dan padi gogo (Oryza sativa L) Indonesia berdasarkan marka SSR. Scripta Biologica. 4 (1) 5-10 Unduh
2017 Nugroho K, Terryana RT, Reflinur, Asadi, Lestari P. 2017. Analisis keragaman genetik kedelai introduksi menggunakan marka mikrosatelit. Informatika Pertanian. 26 (2) 121-132 Unduh
2017 Lestari P, Susilowati DN, Samudra IM, Priyatno TP, Nugroho K, Nurarfa W, Setyawati I, Suryadi Y. 2017. Keragaman genetik rizobakteri penghasil asam indol asetat berdasarkan 16S rRNA dan amplified ribosomal DNA restricti Unduh
2017 Kang YJ, Bae A, Shim S, Lee T, Lee J, Satyawan D, Kim MY, Lee SH. 2017. Genome-wide DNA methylation profile in mungbean. Scientific Reports. 7(40503)1-8 Unduh
2017 Anggraeni TDA. 2017. Genetic diversity of Jatropha curcas collections from different islands in Indonesia. Plant Genetic Resources. Page 1-9 Unduh
2017 Nugroho K, Terryana RT, Reflinur, Lestari P, Mulya K, Tasma IM. 2017. Keragaman Genetik dua puluh aksesi plasma nutfah Jatropha spp. menggunakan marka simple sequence repeat. J Agrobiogen. 13 (1)17-24 Unduh
2017 Nugroho K, Terryana RT, Lestari P. 2017. Metode ekstraksi DNA cabai ( Capsicum annuum L. ) menggunakan modifikasi bufer CTAB (cethyl trimethyl ammonium bromide) tanpa nitrogen cair. Scripta Biologica. 4(2)91-94 Unduh
2017 Utami S, Widyastuti U, Utami DW, Rosdianti I, Lestari P. 2017. Molecular marker-assisted selection of rice grain quality on rice ( Oryza sativa L. ) lines tolerant to Fe toxicity stress. J of Tropical Life Sci. 7 (3) 268 Unduh
2017 Tasma IM. 2017. Pendekatan bioteknologi dan genomika untuk perbaikan genetik tanaman jarak pagar sebagai penghasil bahan bakar nabati. J Agrobiogen. 13(2)123-136 Unduh
2017 Sutoro, Lestari P, Risliawati A, Nugroho K, Iriany RN. 2017. Evaluasi keragaman genetik jagung inbrida berdasarkan sepuluh marka simple sequence repeat. J Agrobiogen. 13 (2) 83-90 Unduh
2017 Terryana RT, Nugroho K, Reflinur, Mulya K, Dewi N, Lestari P. 2017. Keragaman genotipik dan fenotipik 48 aksesi kedelai introduksi asal cina. J Agrobiogen. 13(1) 1-16 Unduh
2017 Rijzaani H, Lestari P, Maskromo I, Sudarsono, Priyatno TP. 2017. Perakitan draf genom aren (Arenga pinnata Wurmb Merr. ). Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian. 39(1) 10-12 Unduh
2017 Perera L, Manimekalai R, Sudarsono S, Lestari P. 2017. Biotechnology of Plantation Crops Coconut. [online] Available fromhttpswww. researchgate. netpublication313476956 Unduh
2016 Baurley JW, Pardamean B, Perbangsa AS, Utami DW, Rijzaani H, Satyawan D. 2016. A bioinformatics workflow for genetic association studies of traits in Indonesian rice. HAL. Page 1-9 Unduh
2016 Kang YJ, Lee T, Lee J, Shim S, Jeong H, Satyawan D, Kim MY, Lee SH. 2016. Translational genomics for plant breeding with the genome sequence explosion. J of Plant Biotech. Pp 1057-1069 Unduh
2016 Asadi, Lestari P, Dewi N. 2016. Pra-pemuliaan aneka kacang dalam mendukung proses pemuliaan untuk perakitan varietas unggul baru. J Agrobiogen. 12 (1) 51-62 Unduh
2016 Tasma IM. 2016. Pemanfaatan teknologi genomika dan transformasi genetik untuk meningkatkan produktvitas kelapa sawit. Perspektif. 15(1)50-72 Unduh
2016 Lestari P, Lee SH, Tasma IM, Asadi. 2016. Gene duplication to reveal adaptation clue of plant to environmental stress a case study of NBS-LRR genes in soybean. J Agrobiogen. 12 (2)119-130 Unduh
2016 Lestari P, Utami DW, Rosdianti I, Sabran M. 2016. Morphological of Indonesian rice germplasm and the associated SNP markers. Emirates J of Food and Agriculture. 28 (9): 660-670. Unduh
2016 Satyawan D, Kim MY, Lee SH. 2016. Stochastic alternative splicing is prevalent in mungbean (Vigna radiata). Plant Biotechnology. 9 p. Unduh
2016 Lestari P, Sun S, Son H, Lee YW, Lee SH. 2016. Isolation and characterization of Fusarium solani causing soybean sudden death syndrome in Korea. J of Microbiology, Biotech and Food Sci. 6 (3)950-955 Unduh
2016 Suryadi. 2016. Determination of pathotypes from Indonesian Xanthomonas oryzae Pv. Oryzae population causing bacterial leaf blight and their reactio Unduh
2016 Rijzaani, Lestari P, Tasma IM, Priyatno TP. 2016. Pusat genom komoditas pertanian. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian. 38 (4)15-16 Unduh
2016 Lestari P, Lee SH, Tasma IM, Asadi. 2016. Gene duplication to reveal adaptation clue of plant to environmental stress A case study of NBS-LRR genes in soybean. J Agrobiogen. 12(2)119-130 Unduh
2016 Reflinur, Lestari P, Lee SH. 2016. The potential use of SSR markers to support the morphological identification of Indonesian mungbean varieties. Indonesian J of Agr Sci. 17 (2) 65-74 Unduh
2016 Tasma IM, Satyawan D, Rijzaani H, Rosdianti I, Lestari P, Rubiyo. 2016. Genomic variation of five Indonesian cacao (Theobroma Cacao L. ) varieties based on analysis using next generation sequencing. Indonesian J of Ag Unduh
2016 Tasma IM. 2016. Aplikasi teknologi DNA untuk akselerasi program pemuliaan ketahanan tanaman kakao terhadap hama dan penyakit utama. J Litbang Pertanian. 35(4)155-166 Unduh
2016 Lestari P, Risliawati A, Utami DW, Hidayatun N, Santoso TJ, Chaerani. 2016. Pengembangan identitas spesifik berbasis marka SSR pada 29 varietas kedelai lokal Indonesia. J Biologi Indonesia. 12(2)219-229 Unduh
2016 Lestari P, Reflinur. 2016. Genetic diversity of Japonica rice (Oryza sativa L.) based on markers corresponding to starch shyntesizing genes. Makara J of Sci. 20 (2): 49-54. Unduh
2016 Mulya K, Lestari P, Reflinur, Sabran M. Genomic-based crops improvement to support GSIAD 2015-2014 Pre-breeding and gene discovery for food and renewable energy security. IAARD PRESS. Bogo Unduh
2016 Nugroho K, Terryana RT, Rijzaani H, Lestari P. 2016. Metode ekstraksi DNA pada Jatropha spp. Tanpa menggunakan nitrogen cair. J Litri. 22(4)159-166 Unduh
2015 Reflinur, Lestari P. 2015. Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman dengan bantuan marka DNA. J Litbang Pert. 34 (4) 177-186 Unduh
2015 Tasma IM. 2015. Pemanfaatan teknologi sekuensing genom untuk mempercepat program pemuliaan tanaman. J Litbang Pert. 34(4)159-168 Unduh
2015 Tasma IM. 2015. Gen dan QTL pengendali toleransi tanaman terhadap keracunan aluminium dan aplisi tanaman terhadap keracunan aluminium dan aplikasinya untuk pemuliaan tanaman di Indonesia Unduh
2015 Tasma IM. 2015. The use of advanced genomic platforms to accelerate breeding programs of the indonesian agency for agricultural research and development (a review). IJBB 2(2),43-53 Unduh
2015 Tasma IM, Satyawan D, Rijzaani H. 2015. Pembentukan Pustaka Genom, Resekuensing, dan Identifikasi SNP Berdasarkan Sekuen Genom Total Genotipe Kedelai Indonesia. J Agrobiogen. 11(1)7-16 Unduh
2015 Nugroho K, Terryana RT, Lestari P. 2015. Optimasi metode isolasi DNA pada Jatropha spp. J Agroteknologi. 5(2)15-22 Unduh
2015 Kang et al. 2015. Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis. Scientific Reports. 5 (8069) 1-8 Unduh
2015 Risliawati A, Riyanti EI, Lestari P, Utami DW, Silitonga TS. 2015. Pengembangan set marka SSR untuk identifikas empat puluh dua varietas unggul kedelai Indonesia. J Agrobiogen. 11 (2): 49-58. Unduh
2015 Lestari P, Rijzaani H, Satyawan D, Anggraeni A, Utami DW, Rosdianti D, Lutfi M, Tasma IM. 2015. Identification of single nucleotide polymorphisms on cattle breeds in Indonesia using bovine 50K. Indonesian J Agric Sci. 16 (2): 59-70. Unduh
2015 Kang et al. 2015. Draft genome sequence of adzuki bean,Vigna angularis.ScientificReports. 5: 8069. DOI 10. 1038/srep08069 Unduh
2015 Tasma IM, Lestari P, Reflinur. 2015. Karakterisasi 56 aksesi kedelai untuk karakter komponen hasil dan umur. Plasma Nutfah. 21(1): 25-38. Unduh
2015 Lestariet al.2015. DNA markers for eating quality of indica rice Indonesia. Plant Breeding. 134: 40-48. Unduh
2015 Nugroho K, Reflinur, Lestari P, Rosdianti I, Teryana RT, Kusmana, Tasma IM. 2015. Keragaman genetik 14 aksesi kentang (Solanum tuberosum L.) berdasarkan marka SSR dan STS. J Agrobiogen. 11(2): 40-48. Unduh
2015 Utami DW, Rosdianti I, Satyawan D, Rijzaani H, Sabran M. 2015. Karakterisasi bayes plasma nutfah di Indonesia. Informatika Pertanian. 24 (2): 133-140. Unduh
2014 Lestari P, Reflinur, Koh HJ. 2014. Prediction of physicochemical properties of Indonesian indica rice using molecular markers. Hayati J of Biosci. 21 (2): 76-86. Unduh
2014 Lestari P, Sutrisno, Tasma IM. 2014. QTL study to reveal soybean response on antibiotic and biotic stresses. J Agrobiogen. 10 (3): 109-114. Unduh
2014 Utami DW. 2014. Pemanfaatan asosiasi lintas genom (studi asosiasi genom) dalam pemuliaan tanaman. J Litbang Pert. 33 (4): 141-148. Unduh
2014 Satyawan D, Rijzaani H, Tasma IM. 2014. Characterization of genomic variation in Indonesian soy bean (Glycine max) varieties using next-generation sequencing. Plant Genetic Resource: Characterization and utilization. 12 (1): 109-113. Unduh
2014 Kanget al.2014. Genome sequence of mungbin and insights into evolution within vigna species. Nature Communication.5: 5443. DOI: 10.1038/ncomms6443. Unduh
2014 Lestari P, Kang YJ, Han KS, Gwang JG, Moon JK, Kim YH, Lee YH, Lee SH. 2014. Genome wide-single nucleotide polymorphism discovery and validation in adzuki bean. Mol Breeding. 33: 497-501. Unduh
2014 Lestari P, Kim SK, Reflinur, Kang YJ, Dewi N, Lee SH. 2014. Genetic diversity of mungbean (Vigna radiataL.) germplasm in Indonesia. Plant Genetic Resource: Characterization and Utilization. 12 (1): 91-94. Unduh
2014 Tasma IM. 2014. Skrining marka SSR untuk analisis diversitas genetik aksesi kelapa sawit. B. Palma. 15(1)1-13 Unduh
2014 Satyawan D, Rijzaani H, Tasma IM. 2014. Characterization of genomic variations in Indonesian Soybean (Glycine max) varieties using next generation sequencing. Plant Geneti Resources Characterization and Utilization. 1 Unduh
2013 Lestari P, Koh HJ. 2013. Development of new CAPS/dCAPS and SNAP markers for rice eating quality. Hayati Journal of Bioscience. 20 (1): 15-23. Unduh
2013 Lestari P, Van K, Lee J, Kang YJ, Lee SH. 2013. Gene divergence of homeologous region associated with a major seed protein content QTL in soybean. Frontiers in Plant Science. 4: 1-8 Unduh
2013 Mulsanti IW, Surahman M, Wahyuni S, Utami DW. 2013. Identifikasi galur tetua padi hibrida dengan marka SSR spesifik dan pemanfaatannya dalam uji kemurnian benih. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 32 (1): 1-8. Unduh
2013 Ha J, Lestari P, Lee SH. Nucleotide diversity of the upstream region of the putative MADS-box gene controlling soy bean maturity. Genes Genom. 35: 159-166. Unduh
2013 Utami DW, Lestari P, Koerniati S. 2013. A relative expression of Xa 7 gene controlling bacterial leaf blight resistance in Indonesian local rice population (Oryza sativaL.). J crop sci biotech . 16 (1): 1-7. Unduh
2013 Lestari P, Koh HJ. 2013. Evaluasi kandungan protein dan sifat pasta beras japonica dengan marka DNA. Berita Biologi. 12 (2): 141-152. Unduh
2013 Tasma IM, Satyawan D, Lestari P. 2013. Simposium Genomika Sumber Daya Genetik Tanaman. Warta Biogen. 9(1)6-9 Unduh
2013 Yong YF, Lestari P, Lee KJ, Kim MY, Lee SH, Lee BW. 2013. Identification of quantitative trait loci for cadmium accumulation and distribution in rice (Oryza sativa). Genome. 56: 227-232. Unduh
2013 Tasma IM, Arumsari S. 2013. Analisis Diversitas Genetik Aksesi Kelapa Sawit Kamerun Berdasarkan Marka SSR. J Litri. 19(4)194-202 Unduh
2013 Tasma IM. 2013. Gen dan QTL Pengendali Umur pada Kedelai. J Agrobiogen. 9(2)85-96 Unduh
2013 Tasliah, Habib R, Hariyadi TZP, Yuriyah A, Rebin, Masumah, dan Silitonga TS. 2013. Analisis keragaman genetik 161 aksesi mangga Indonesia menggunakan marka mikrosatelit. AgroBiogen 9(3),125-134 Unduh
2012 Lestari P, Tasma IM. 2012. Analisis genotipe sapi berdasarkan total genom. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian. 34 (4): 17-18. Unduh
2012 Lestari P, Risliawati A, Koh HJ. Identifikasi dan aplikasi marka berbasis PCR untuk identifikasi varietas padi dengan palatabilitas tinggi. J AgroBiogen. 8 (2): 69-77. Unduh
2012 Utami DW, Rosdianti I, Lestari P, Satyawan D, Rijzaani H, Tasma IM. 2012. Development and application of 1536-plex single nucleotide polymorphism marker chip for genome wide scanning of Indonesian rice germplasm. Indonesia J Agric Sci. 14 (2): 71-78. Unduh
2012 Utami DW. 2012. Status terkini (tahun 2012) hasil penelitian terkait dengan penyakit blas. Warta Biogen. 8 (2): 5-6. Unduh
2012 Tasma IM, Satyawan D, Rijzaani H, Rubiyo. 2012. Konstruksi pustaka genom kakao (Theobroma cacao L. ) untuk sekuensing genom total menggunakan next generation sequencing HiSeq2000. Buletin RISTRI. 3 (2)99-108 Unduh
2012 Utami DW. 2012. Penelitian genom padi di BB Biogen. Warta Biogen. 8 (3): 8-9. Unduh
2011 Tasma IM, Satyawan D, Warsun A, Yunus M, Santosa B. 2011. Phylogenetic and maturity analyses of sixty soybean genotypes used for DNA marker development of early maturity quantitative trait loci in soybean. J Agrobio Unduh
2011 Lestari P, Trijatmiko KR, Reflinur, Warsun A, Tasliah, Ona I, Cruz CV, Bustaman M. 2011. Mapping quantitative trait loci conferring blast resistance in Upland Indica rice (Oryza sativa. L). J crop Sci Biotech. 14 (1): 57-63. Unduh
2011 Hidayatun N, Chaerani, Utami DW. 2011. Sidik jari DNA 88 plasma nutfah ubi jalar di Indonesia berdasarkan delapan penanda SSR. J AgroBiogen. 7 (2): 119-127. Unduh
2011 Lestari P, Lee G, Ham TH, Reflinur, Woo MO, Piao R, Jiang W, Chu SH, Lee J, Koh HJ. 2011. Single nucleotide polymorphisms and haplotype diversity in rice sucrose shyntase 3. J of Heredity. 102 (6): 735-746. Unduh
2011 Chaerani, Hidayatun N, Utami DW. 2011. Keragaman genetik 50 aksesi plasma nutfah kedelai berdasarkan 10 penanda mikrosatelit. J AgroBiogen. 7(2): 96-105. Unduh
2011 Satyawan D, Tasma IM. 2011. Genetic diversity analysis of Jatropha curcas provenances using randomly amplified polymorphic DNA markers. Jurnal Agrobiogen. 7 (1)47-55 Unduh
2011 Satyawan D, Tasma IM. 2011. DNA markers applicable for genetic mapping of Jatropha curcas genome. Buletin RISTRI. 2 (3) 411-419 Unduh
2011 Utami DW, Barnita K, Yuriah S, Hanarida. 2011. Nucleotide base variation of balast desease resistence gene Pi33 in rice selected broad genetic background. Hayati J of Biosci. 18 (3): 123-128. Unduh
2010 Lestari P. 2010. Deteksi cepat kualitas rasa beras dengan penanda molekuler. Warta Peneltian dan Pengembangan Pertanian. 32 (5): 11-12. Unduh
2010 Utami DW, Ambarwati AD, Apriana A, Sisharmini A, Hanarida I, Moeljopawiro S. 2010. Keragaan sifat tahan penyakit blas dan agronomi populasi silang balik dan haploid ganda turunan IR46 danOryza rufipogon.Buletin Plasma Nutfah. 16 (2): 92-95. Unduh
2010 Utami DW, Septiningsih EM, Kadir TS, Fatimah, Yuriyah S. 2010. Pencarian alel untuk identifikasi gen ketahanan penyakit hawar daun bakteri , Xa7, pada plasma nutfah padi lokal Indonesia. J Agro Biogen. 6 (1): 1-9. Unduh
2010 Hidayatun N, Somantri IH, Utami DW, Risliawati A, Riyanti EI. 2010. Melihat keragaman kedelai dari profil DNA-nya. Warta Biogen. 6 (3): 10-12. Unduh
2010 Utami DW, Septingsih EM, Yuriyah S, Hanarida. 2010. Aplikasi marka molekuler terpaut gen gen ketahanan penyakit hawar daun bekteri dalam seleksi tetua persilangan. J Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 29 (30): 152-156. Unduh
2010 Utami DW, Ilhami A, Hanarida I. 2010. Sidik jari DNA plasma nutfah padi lokal menggunakan marka molekuler spesifik untuk padi beras merah. Berita Biologi. 10 (2): 143-150. Unduh

Statistik Kunjungan

Tahun Hits
2018 20,797
2015 4,351
2016 5,069
2017 13,279

Mari Bersinergi!


Menguak semua rahasia genom pertanian bukanlah perkara sederhana. Ide, kreatifitas, keahlian anda di bidang pertanian bisa berperan di dalamnya. Anda memiliki plasma nutfah pertanian yang unik? Anda mencatat silsilah persilangan dan fenotipenya? Anda ahli komputer dan statistika? Mari bersama-sama membaca genom pertanian! Hubungi kami melalui kontak di bawah ini:

+62-251-8337975

E-mail: indonesiagenom@gmail.com


Copyright 2018 Badan Litbang Pertanian
Dikelola oleh BB Biogen